切羽つまってます！！アドバイスお願いします

小上がりはしない方がいいと思います。子供はすぐ大きくなるし、ゆくゆく邪魔になると思います。
おもちゃは大きいものは二階に置いておいて、よく遊ぶものだけかごとかに入れて片隅に置いておく、ですかね～。やっぱりリビングにもっと収納欲しいですね。
パントリーは何を入れるつもりですか？ここもう少し奥行き取れると思うので、リビングで必要なものを考えて(食品だけでなく書類関係とか)ちょうどいい奥行きで作ったらいいですよ。(でも冷蔵庫とか大型家具の搬入できる幅は残さないといけませんが。)
ちなみに冷蔵庫は奥より手前の方が私は好きです。奥だと飲み物とか取りに行くのに遠いので。

洗濯洗面室のご質問ですが、私は今のままでいいと思います。来客時を考えたら、収納を扉付きにするかオープン棚にかご収納にしたらいいと思います。
洗面台を独立させるとなると一畳の洗面室になりますよね？それだと普段家族が使うのに使いづらいと思います。