通りすがりの長文失礼します。
まず、階段の位置を揃えたら良いのではないでしょうか。
階段を2-3階の階段位置と揃えるだけで、2階に2畳の空きスペースが生まれ、書斎、納戸、ウォークインクローゼット、洗面スペースなどに活用できるのかなと思いました。
問題となる1階の配置替えですが、階段廊下と畳コーナーを入れ替えることになる訳ですが、そうすると階段下トイレは、階段の向きを揃えるため収納に隣接する形になります。
ダイニング空間とは廊下を挟むだけの距離感となりこれを許容できるのか？という判断になるのかなと思いました、
というのも、この図面はトイレを居住空間からなるべく離したいという要望に対する設計なのかなとお見受けしたからです。
もしそうだとすると、予算的にまだ少し余裕が残されているとのことなので、トイレを洗面脱衣所の西に新たに追加させる形で隣接させるという手段もありますが、もしそうなるとトイレのドアは洗面脱衣所に開口すると思いますので、洗面脱衣所を誰かが使用している場合は2階トイレまで上がる必要が生じてしまうのと、もっとマズいのが勝手口を潰してしまうことです。
この階段を揃える案は2階間取り的には好都合ですが、1階の間取りが既に完成されきってしまっているために、配置替えをすると他の箇所に不具合を生じると感じます。畳コーナーと水回りが隣接しているのも間取りとしてどうなのか？という疑問も残ります。
また、階段に踊り場を作る案ですが、ご承知の通り階段の踊り場部分の段数が今現在より減るため、1階の部分により多く段数が必要になるため、今の間取りのままでは実現はできません。なぜなら水回りに入れなくなってしまうからです。
階段に踊り場を作る際は、このプランですと階段の位置を揃えるのは必須、加えて、廊下階段ではなくダイニング隣接の階段になります。
このようにしたとき干渉するのは、まずダイニングのロールスクリーンが挙がります。加えて、より手前から階段を登ることになるため洋室（2）のこれは収納でしょうか、階段スペースに重なっている空間が干渉するかもしれません。
これを文章で表すならば、階段の踊り場を作るためには、4段、余分に直進部分につけなければなりません。今現在の図面でいう、9段目、10段目の高さが踊り場になる訳ですが、イメージできますでしょうか。つまり今現在5段目となっている部分が9段目の高さになってそこが踊り場の一段目ということです。こうすることで斜めの段がない踊り場が2つの15段の階段になり2階に登れますね。
従って2階に登った部分、現在の本棚スペースや、その南の2室に面している廊下部分（階段1-4段目の直上に相当）が建築上というか通行上？干渉するかもしれません。実現したとしても登るときかなり閉塞感が出るか大型の家具などの搬入が困難になったりするかもしれません。
そのあたりは、私は設計士ではありませんしただの通りすがりですから笑、建築士の方によく確認する必要があるでしょう。
参考になれば幸いです。長文失礼しました。
